Le fonctionnement naturel d'un cours d'eau est de dissiper son énergie dès que son écoulement prend de la vitesse. Pour cela il arrache des matériaux au fil de son cheminement. Le bon fonctionnement d'un cours d'eau est donc caractérisé par un équilibre entre un transport liquide et un transport solide. Dès que l'écoulement d'un cours d'eau est entravé par un obstacle, il se décharge des matériaux qu'il transporte. Inéluctablement, à l'aval de cet obstacle il cherchera à dissiper son énergie en arrachant à nouveau des matériaux.
Concernant, la circulation des poissons, les obstacles à l'écoulement des cours d'eau sont parfois infranchissables et contrarient ainsi leur cycle de reproduction. En effet beaucoup d'espèces piscicoles (saumons, truites, anguilles, aloses, lamproies,....) se reproduisent dans les frayères des cours d'eau où elles sont nées.
Dans les deux cas précédemment décrits, la rupture de la continuité constitue un élément de détérioration de l'espèce ou du milieu naturel. La restauration de la continuité est donc nécessaire pour la protection des peuplements des poissons migrateurs, et pour le rétablissement d'un fonctionnement plus naturel des cours d'eau.
Dans ce domaine particulier, les obstacles en travers des cours d'eau étant souvent liés à des usages, le syndicat développe à l'opportunité des actions ponctuelles. Ces actions consistent essentiellement à l'accompagnement technique et/ou administratif des propriétaires d'ouvrage dans leur projet. En 2024 dans le syndicat a ainsi accompagné techniquement et administrativement la coopérative des aquaculteurs landais dans leur projet de démantèlement de la pisciculture du Launet à Vielle-Soubiran et d'arasement de son seuil de prise d'eau.