Le territoire des bassins versant landais du Midou et de la Douze sont irrigués par un réseau hydrographique de quelques 1200 kilomètres.
Les deux cours d'eau principaux sont le Midou et la Douze et prennent leur source dans le département du Gers puis s'écoulent en méandres à travers le territoire sur des linéaires respectifs de 42 et 66 kilomètres. Ils confluent à Mont-de-Marsan pour former la Midouze.
Ces deux cours d'eau, reçoivent les eaux de nombreux affluents qui pour la grande majorité prennent leur source sur le territoire de compétence du Syndicat.
Les affluents de la Douze sont à l'amont l'Uby, le Loumné et le ruisseau de Larrazieu, plus à l'aval la Douze conflue avec l'Estampon à Roquefort puis avec le ruisseau de Corbleu et la Gouaneyre.
L'Estampon est un cours d'eau qui irrigue le plateau landais forestier au Nord-Est qui occupe la majeure partie du territoire du syndicat. Là en s'écoulant sur un linéaire de plus de 51 kilomètres, il forme un chevelu assez dense avec ses affluents, la Losse, le Launet, ensuite avec les ruisseaux de Vialote, de Lugaut et de Retjons.
Le Midou, au gré de ses méandres prononcés collecte à travers un paysage essentiellement agricole les ruisseaux de la Gaube, de Lusson, du Moulin neuf, et conflue à Bougue avec le Ludon avant de rejoindre la commune de Mont-de-Marsan dite ville des trois rivières.
L'ensemble de ces émissaires représentent un linéaire principal de 324 kilomètres de cours d'eau sur lesquels le Syndicat du Midou et la Douze veille.
